礼部尚书为裴世矩。礼部掌典礼事务与学校、科举之事。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；管理全国学校事务及科举考试和外国之往来事，下设掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事的仪制清吏司；掌吉礼、凶礼事务的祠祭清吏司，掌宾礼及接待外宾事务的主客清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务的精膳清
吏司。
另外在四司之外，还设有铸印局，掌铸造皇帝宝印及内外官员印信。会同四译馆，掌接待外国贡使及翻译等事。类似后世的教育部、文化部、外交部等部门。
兵部尚书由李靖担任。兵部执掌全国士兵的征召和兵籍的管理，武职官员的除授、封荫之典，叙功、核过、抚恤，乘载、邮传之制，甄核、简练之方，士籍、军实之数。管理掌全国马政及驿传等事。战时，也可以根据皇帝的旨意，担任兵马大元帅。
工部尚书由一直负责盐场武器装备生产基地的钱正阔担任，两名侍郎分别是格物研究院的院长，墨门的门主兼任，另外一名便是钱正阔的副手董康。
工部为管理全国工程事务的机关，和以前六部中的工部有着很大的不同。职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。凡全国之土木、水利工程，机器制造工程（包括军器、军火、军用器物等），矿冶、纺织等官办工业无不综理，并主管一部分金融货币和统一度量衡。设四司﹕营缮清吏司，掌宫室官衙营造修缮；虞衡清吏司，掌制造、收发各种官用器物，主管度量衡及铸钱；都水清吏司，掌估销工程费用，主管制造诏册、官书等事；屯田清吏司，掌陵寝修缮及核销费用，支领物料及部分税收。
农部尚书是刘子明和杜如晦共同推荐的一人，名叫王灰儿，也是范阳学院第一批毕业的高材生，专攻农学，这几年远东军治下百姓种植各种新品种，年年增收，这个王灰儿功不可没。农部掌管全国种植业、畜牧业、水产业、农垦等事，在中国封建王朝时代从未单独设这一部，大安国设农部是王君临特意坚持所设。
另外，王君临又设了军机府，军机府的主官由秦琼担任，正二品大员，军机府副职为单雄信。军机府之下直属机构有军情府、特战大队、盐城武器装备生产基地，以及执法队。
但立国之后的军情府已经不是沈果儿的军情府，只是从后者分裂出去的一部分，由瓦岗营的谢映登担任军情府统领。
特战大队依然是张天冈统领。执法队统领是聂小雨培养出来的陈小狗。
另外，兵部统领地方的郡兵和县兵，而军机府直接统领远东军各个野战部队。
不过，随着人马增加，王君临准备将各营的规格提升为军团，所属人马编制不变，主将人选只作略微的调整。
比如，老虎军团主将依然是尉迟敬德，瓦岗军团的主将依然是徐世绩。
不过，王君临另增设幽州军团、天卫军团，幽州军团主将自然是罗艺，主要负责防务东北，盯着高句丽，以及东北的契丹和北方的突厥等异族。
而天卫军团专司皇宫和天子防卫之事，编制五万人，主将是程咬金。
让程咬金担任天卫军团的主将，是王君临亲点的人选，包括程咬金本人在内，这事可是出乎了不少人的预料。