剧本的最后，流星系统前端伸出了巨大的光速剑将要塞的外壳划破。
“有没有这么作弊的啊！”看到这么大的光速剑，再淡定的观众也不淡定了！
要塞被攻破！
“轰——！”爆炸声将会场所有人都吓了一跳。就在大家以为这声巨响只是宇宙要塞被攻破做出的特殊效果的时候，会场的厕所里真的发生了一场爆炸。
有一个人被炸死了！
“柯南？！”小兰想让柯南不要乱走，才想起来柯南刚才说上厕所，就没有回来过！
原来柯南上厕所是真的，不过之后在厕所外遇到了一个可以人，全身黑衣！
就在柯南准备跟踪的时候，那个黑衣人却在柜台那了一个箱子进了厕所，然后厕所就发生了爆炸。
之后柯南发现，那个黑衣人大个子可能并不是凶手的目标，这一次是误杀！
原来，凶手将装有炸弹的箱子寄放在柜台，利用所有公司职员的箱子都是一模一样的这个特点，想让被害者拿走那个有炸弹的箱子。
可是被想到被害者也在利用柜台寄放处做见不得人的交易，那个装炸弹的箱子阴差阳错地被黑衣人大个子拿到了，然后他非常倒霉地被炸死了！
而柯南是因为那个大个子全身黑衣的打扮，还在电话里用酒的名字称呼其他人，所以怀疑被杀的大个子就是黑衣人组织的一员。
在沉睡毛利小五郎推理完之后，用小五郎的声音质问那个和大个子进行非法交易的人，却只是知道了他们一直在大黑大厦顶楼见面，而且对方经常调酒。
那里就是黑衣人组织的一个据点！在那里，他们进行出色的编程人员名单的交易！
可是等到杜兰感到那家顶楼酒吧的时候，酒吧发生了剧烈的爆炸，大量的炸药把一切都化作了灰烬，什么都没有了！
柯南再一次眼看就能找到黑衣人组织的时候，那线索就又一次断开了，整个人都非常沮丧！
黑衣人组织实在是太过神秘了，柯南虽然在自己的老爸工藤优作面前放出豪言，说黑衣人组织是他的案子，可是真正侦查的时候，才会知道是如此的棘手。
心狠手辣，不留痕迹，简直就是一般狡猾又残忍的恶魔！