之后用工五十万人到七十万人，一边打战，一边挖掘和建设第一段的船闸，用时一年半时间。
之后集中了一百二十万人全面疏通了河道，挖掘河道深度达到了五十米中心，大约五百米宽度以后，两侧挖掘大约四十米深度，再像岸边退到达了三十米到二十八米的深度，在到岸边的引流渠道，深度十二米或者百米，这是加通湖的湖面上，靠近南岸的部分，其他地方也基本上在二十八米深度。
占领了巴拿马城以后，通往太平洋这一段的河道也仿造了大西洋入海口的地方的河道挖掘，用时半年时间突击就完成了，三座船闸落成，现在基本上通行这个世纪的所有大型船只已经畅通无阻了。
于是二十万人西班牙人俘虏被释放。